1. Bệnh Héo Xanh (Do vi khuẩn Pseudomonas solanacearum)
Bệnh héo xanh là một trong những bệnh nguy hiểm nhất trên cây ớt do tốc độ lây lan nhanh và rất khó đặc trị khi bệnh đã bùng phát mạnh.

Biểu hiện:
- Cây đang sinh trưởng bình thường đột ngột héo rũ vào ban ngày (khi trời nắng to) và tươi tỉnh lại vào ban đêm hoặc sáng sớm.
- Chỉ sau 2-3 ngày, cây chết khô héo hoàn toàn nhưng lá vẫn giữ màu xanh (không bị vàng lá như héo do nấm).
- Nếu nhổ cây lên và cắt ngang phần thân rễ, sẽ thấy các bó mạch dẫn bị thối đen. Khi ngâm đoạn thân cắt vào ly nước trong, sẽ có những giọt dịch vi khuẩn màu trắng đục rỉ ra.
Phương pháp phòng trị:
- Phòng bệnh: Luân canh cây trồng (không trồng liên tục ớt hoặc cây họ cà trên cùng một mảnh đất). Xử lý đất kỹ trước khi trồng bằng cách bón vôi bột (50-100kg/1000m2) để phơi ải, tiêu diệt mầm bệnh. Sử dụng màng phủ nông nghiệp để hạn chế đất bắn lên nách lá.
- Trị bệnh: Vi khuẩn héo xanh rất khó trị. Ngay khi phát hiện cây bệnh, phải nhổ bỏ và tiêu hủy ngay (đốt hoặc chôn xa ruộng), sau đó rắc vôi bột vào gốc cây đã nhổ. Có thể phun phòng lây lan cho các cây xung quanh bằng các loại thuốc gốc Đồng (Copper Oxychloride) hoặc hoạt chất Kasugamycin, Bismerthiazol.
2. Bệnh Thán Thư (Do nấm Colletotrichum spp.)
Thán thư (hay còn gọi là bệnh nổ trái) là nỗi ám ảnh lớn nhất trong giai đoạn thu hoạch, làm giảm năng suất và chất lượng thương phẩm của quả ớt.

Biểu hiện:
- Trên quả: Ban đầu xuất hiện những đốm nhỏ hơi lõm xuống có màu vàng nhạt hoặc xám. Sau đó vết bệnh lan rộng, lõm sâu, chuyển màu nâu đen và có các vòng đồng tâm đặc trưng. Quả bị bệnh nhanh chóng thối, nhũn và rụng hoặc teo tóp lại trên cây.
- Trên lá và thân: Lá có đốm nâu rụng sớm; thân cành có vết cháy màu nâu đen làm gãy cành.
Phương pháp phòng trị:
- Phòng bệnh: Chọn giống ớt kháng bệnh. Trồng với mật độ hợp lý, thường xuyên cắt tỉa cành dưới gốc để tạo độ thông thoáng. Tuyệt đối không để quả ớt bệnh rụng dưới mương nước hoặc luống đất vì bào tử nấm sẽ theo nước tưới lây lan ra cả ruộng.
- Trị bệnh: Thu gom toàn bộ trái bệnh đem tiêu hủy. Sử dụng các loại thuốc bảo vệ thực vật đặc trị nấm như: Azoxystrobin, Mancozeb, Propineb, hoặc Difenoconazole phun luân phiên. Phun kỹ cả mặt trên, mặt dưới lá và trực tiếp lên quả.
3. Tuyến Trùng Hại Rễ (Do Meloidogyne spp.)
Tuyến trùng không phải là nấm hay vi khuẩn mà là một dạng giun tròn kích thước siêu nhỏ, sống trong đất và chích hút rễ cây.

Biểu hiện:
- Trên mặt đất: Cây phát triển chậm, còi cọc, lá chuyển dần sang màu vàng từ dưới lên trên, trông chóp lá như bị thiếu hụt dinh dưỡng dù đã bón phân đầy đủ. Cây dễ bị héo khi trời nắng.
- Dưới rễ (dấu hiệu quyết định): Khi nhổ cây lên, quan sát bộ rễ sẽ thấy các nốt sần, cục bướu rải rác hoặc vón cục lại với nhau. Hệ rễ kém phát triển, rễ tơ bị thối hỏng. Tuyến trùng tạo ra vết thương hở trên rễ, tạo điều kiện cho nấm bệnh xâm nhập gây thối rễ chết cây.
Phương pháp phòng trị:
- Phòng bệnh: Cày ải phơi đất vào mùa nắng. Tăng cường bón phân hữu cơ hoai mục ủ chung với nấm đối kháng Trichoderma. Tuyến trùng rất kỵ môi trường giàu mùn hữu cơ. Trồng xen hoặc luân canh với cúc vạn thọ (rễ cúc vạn thọ tiết ra chất xua đuổi tuyến trùng).
- Trị bệnh: Khi đất đã nhiễm tuyến trùng, cần sử dụng các loại thuốc tưới/rải gốc chuyên dụng có chứa hoạt chất như Abamectin, Clinoptilolite, hoặc Chitosan. Lưu ý phải xử lý thuốc vào đầu mùa mưa hoặc ngay khi làm đất lót nilong để đạt hiệu quả cao nhất.